La zone, située à environ 160 kilomètres de Taipei, sera fermée de 09H00 (01H00 GMT) à 15H00 (07H00 GMT), ont précisé les autorités de sécurité maritime de la province de Fujian (est), et les embarcations auront "l'interdiction d'y entrer".
Mercredi, le ministère taïwanais des Transports avait annoncé que la Chine imposerait brièvement une zone d'exclusion aérienne au nord de l'île, en raison d'"activités spatiales".
L'annonce survenait après l'achèvement lundi par Pékin de trois jours d'importantes manoeuvres militaires autour de l'île de Taïwan, revendiquée par Pékin, qui ont donné lieu à des simulations de frappes ciblées et à un encerclement du territoire.
La zone d'exclusion aérienne ne semble pas liée aux exercices, le ministère taïwanais ayant déclaré que Pékin l'établissait au niveau des "zones de convergence de nombreuses routes internationales au motif d'+activités spatiales+".
Ces restrictions dureront 27 minutes, de 9H30 à 9H57 locales (01H30 à 01H57 GMT), dimanche, selon la même source.
Pékin avait à l'origine annoncé une fermeture pour trois jours, modifiant par la suite ses plans après des objections émises par Taipei, selon le ministère taïwanais des Transports.