Selon la police, au moins quatre personnes sont mortes depuis mercredi, dont un homme piégé dans sa voiture emportée par les flots et un couple de personnes âgées qui se sont noyées.
Une femme de 68 ans s'est également noyée près de sa maison inondée, après avoir quitté un centre d'évacuation de la ville de Segamat, dans l'Etat de Johor (sud) frontalier de Singapour.
Près de 41.000 habitants de six Etats, principalement de Johor, ont été évacués vers des écoles et des centres communautaires où ils ont reçu eau, nourriture et vêtements.
Des médias locaux et des images sur les réseaux sociaux ont montré des rues inondées, des voitures submergées, des maisons remplies d'eau et des commerces barricadés.
Les pluies diluviennes continuent de s'abattre, ralentissant les opérations de secours.
Le président de la Société de la nature malaisienne Vincent Chow a affirmé à l'AFP qu'il s'agissait des "pires inondations à Johor" depuis 1969.
Il a indiqué avoir reçu des appels à l'aide de villageois habitant à 120 kilomètres de distance mais que le seul moyen de les aider était par voie aérienne.
A Yong Peng, une ville de cet Etat, des journalistes de l'AFP ont vu une famille se déplaçant dans sa maison dans une eau brunâtre arrivant au-dessus des genoux, les enfants utilisant des chambres à air de pneus en guise de bouée pour flotter.
La Malaisie fait face à un épisode inédit de pluies de mousson, dont la saison a commencé en novembre. En 2014, les pires inondations jamais survenues dans le pays avaient forcé 118.000 personnes à fuir leur maison.
Pour Meenakshi Raman, présidente des Amis de la Terre en Malaisie, le niveau de précipitations est "inhabituel" à cette époque de l'année.
Selon elle, la déforestation et la disparition des espaces naturels sont responsables de l'érosion des sols et favorisent les crues de cours d'eau en période de fortes pluies.
L'Agence météorologique malaisienne a averti que cet épisode pluvial pourrait continuer jusqu'en avril.
