Le tremblement de terre de magnitude 6,5 s'est produit à 14H42 (05H42 GMT) dans le département d'Ishikawa, selon l'Agence météorologique japonaise (JMA). Elle avait dans un premier temps estimé la magnitude à 6,3.
Samedi matin, au moins 55 répliques avaient été enregistrées depuis la secousse initiale, selon la même source, qui a en outre mis en garde contre les risques de glissements de terrain dans la région.
Au moins 29 personnes ont été blessées, a indiqué samedi l'agence nationale de gestion des crises.
"Notre personnel évalue les dommages dus au tremblement de terre", a indiqué à l'AFP un responsable de la ville de Suzu, dans le département d'Ishikawa, qui a été la plus fortement touchée.
Deux personnes coincées dans un bâtiment détruit ont été secourues, a-t-il ajouté, et environ cinquante personnes ont été hébergées en urgence dans des écoles et dans l'hôtel de ville.
Vendredi, le porte-parole du gouvernement nippon, Hirokazu Matsuno, avait fait état devant les médias d'un bilan d'un mort, ajoutant que l'effondrement de plusieurs bâtiments avait été signalé.
La victime est décédée après être tombée d'une échelle à Suzu, sur la côte de la mer du Japon, selon un responsable de la gestion des crises de cette ville à l'AFP.
Des images de la NHK montraient des maisons en bois détruites ou endommagées, avec des fenêtres brisées et des toits abîmés. On pouvait également voir un pan de montagne affaissé.
Glissements de terrain
Le séisme a atteint par endroits le niveau 6+ sur l'échelle japonaise Shindo qui en compte 7.
L'institut d'études géologiques américain USGS a pour sa part estimé la magnitude du séisme à 6,2 et l'a situé légèrement au large de la côte, tandis que l'agence japonaise a placé l'épicentre sur la terre ferme.
Les tremblements de terre sont fréquents au Japon, qui se trouve sur la "ceinture de feu" du Pacifique, une zone de forte activité sismique qui s'étend à travers l'Asie du Sud-Est et le bassin Pacifique.
L'archipel a de strictes normes de construction pour que ses bâtiments soient capables de résister à de fortes secousses. Des exercices d'urgence pour se préparer à une secousse majeure sont régulièrement organisés.
La ville de Suzu se trouve sur la péninsule de Noto, frappée en 2007 par un séisme de magnitude 6,9 qui avait fait des centaines de blessés et endommagé plus de 200 bâtiments.
Le Japon reste hanté par le souvenir du séisme de magnitude 9,0 du 11 mars 2011, au large des côtes nord-est du Japon.
La terrible secousse avait entraîné un tsunami qui a été la principale cause du lourd bilan humain de près de 18.500 morts ou disparus.
L'accident nucléaire qui a suivi à la centrale de Fukushima Daiichi, envahie par les flots, où les cœurs de trois des six réacteurs sont entrés en fusion, a obligé des dizaines de milliers de personnes à évacuer et a rendu des localités entières inhabitables pendant plusieurs années.
