Ces dernières ont cessé d'accorder de nouveaux visas ou de renouveler les anciens pour les expatriés employés par les ONG internationales, affirment trois hauts responsables humanitaires et l'Association des agences de développement international (AIDA), un organisme représentant plus de 80 organisations.
A la date du 7 mars, les visas de 57 travailleurs humanitaires ont expiré et 42 autres "vont expirer dans les prochaines semaines", selon Faris Arouri, directeur de l'AIDA, dont les membres travaillent dans les territoires palestiniens.
Les demandes pour au moins 50 visas sont dans les limbes, indique-t-il.
"Au total, il y a presque 150 postes que nous devons pourvoir en urgence depuis deux mois", dit-il. "Nous estimons que cela fait partie du blocage à plus grande échelle par Israël des opérations d'aide humanitaire en Cisjordanie et à Gaza", accuse-t-il.
Les agences des Nations unies sont également touchées, avec nombre de demandes de visa restées sans réponse, a indiqué à l'AFP une responsable onusienne.
"Il y a eu un changement de procédures concernant les visas pour les ONG", a déclaré le porte-parole du ministère des Affaires étrangères israélien, Lior Haiat, assurant que le problème serait "résolu dans un proche avenir".
"Zone grise"
Alors que le travail des ONG est chaque jour plus nécessaire, il est aussi plus complexe.
Par exemple, à cause du gel des demandes de visas, 15 organisations se retrouvent aujourd'hui sans directeur, selon M. Arouri.
Les visas de travail pour les humanitaires nécessitent une lettre de recommandation du ministère israélien de la Santé, qui n'en a plus fourni depuis août, ont indiqué trois responsables humanitaires.
Après l'attaque du 7 octobre, le ministère a déclaré qu'il n'émettrait plus de nouvelles lettres de recommandation, mais les humanitaires étrangers se sont vus accorder une extension de visa jusqu'au 8 février, selon ces sources.
Depuis, aucune nouvelle extension n'a été accordée.
La directrice d'une ONG travaillant dans le domaine de l'eau à Gaza et en Cisjordanie, dont le visa a expiré, a indiqué qu'il était possible de rester en Israël avec un document prouvant qu'une nouvelle demande a été émise.
Mais ce document ne leur permet pas de se rendre à Gaza ou en Cisjordanie.
"Cela entrave la coordination et la gestion de nos opérations à Gaza", déplore la directrice qui a requis l'anonymat pour ne pas se mettre en porte-à-faux avec les autorités israéliennes.
Des travailleurs humanitaires ayant fait des demandes de visa se sont par ailleurs vu demander de quitter le pays, sans savoir lorsqu'ils pourraient revenir.
"Ce n'est jamais clair. On est dans une zone grise", regrette la source.
Tensions avec l'ONU
L'ONU, qui gère ses demandes avec le ministère des Affaires étrangères, continue à recevoir des visas, bien que 67 demandes soient toujours sans réponse, selon la responsable onusienne.
Auparavant, les visas d'un an constituaient la norme, désormais, ils sont souvent de deux mois, et d'un mois pour la famille de l'expatrié.
En décembre, Israël avait annoncé "révoquer" le visa de Lynn Hastings, coordinatrice de l'ONU pour les territoires palestiniens, l'accusant d'être biaisée et d'user d'une "rhétorique dangereuse".
Une personne travaillant dans le secteur de l'aide humanitaire a confié à l'AFP que ce genre de déclarations faisait craindre que "des appels à un cessez-le-feu" puissent faire considérer une organisation humanitaire comme "ennemie de l'Etat", compromettant les visas et le travail sur place de la structure.