Le ministère avait indiqué samedi que deux Palestiniens avaient été grièvement blessés par balles lors d'affrontements avec des soldats israéliens à Qarawat Bani Hassan, dans le nord de la Cisjordanie occupée.
Mujahed Dawood, 30 ans, est décédé des suites de ses blessures, a-t-il indiqué dimanche dans un communiqué.
L'armée israélienne avait déclaré de son côté samedi que des Palestiniens avaient lancé des pierres sur des soldats à proximité de Qarawat Bani Hassan, au sud-ouest de la ville de Naplouse. Ces derniers ont alors répliqué avec "des tirs à balles réelles", avait-elle ajouté.
Ces violences interviennent dans un contexte de vives tensions en Cisjordanie, territoire palestinien occupé depuis 1967 par Israël.
Elles se sont accrues ces derniers mois dans le nord de ce territoire, notamment dans les secteurs de Naplouse et Jénine, bastions de groupes armés.
Ces raids ont fait plus d'une centaine de morts côté palestinien, soit le bilan le plus lourd en Cisjordanie depuis près de sept ans, selon l'ONU.
Le Cogat, l'organe du ministère israélien de la Défense qui supervise les activités civiles dans les Territoires palestiniens, a annoncé dimanche matin avoir annulé les permis d'entrée sur son territoire de 164 membres de familles de "terroristes de la région de Naplouse".