M. Kishida, 65 ans, était initialement attendu en Tunisie en fin de semaine prochaine pour participer à la Conférence internationale de Tokyo sur le développement de l'Afrique (Ticad). Selon des médias nippons, il pourrait désormais y assister en téléconférence.
Le Premier ministre était en vacances depuis quelques jours, peu après avoir reçu une quatrième dose de vaccin contre le Covid-19, et devait initialement revenir aux affaires lundi.
Il a effectué dimanche matin un test PCR, après avoir ressenti "un peu de fièvre et de la toux" depuis samedi soir, et ce test s'est avéré positif dans l'après-midi, selon le membre du bureau du Premier ministre interrogé par l'AFP.
Outre son déplacement en Tunisie pour la Ticad, un forum international que le Japon organise depuis 1993 pour promouvoir l'aide au développement et les investissements en Afrique, M. Kishida envisageait aussi de se rendre fin août dans plusieurs pays du Golfe, avaient rapporté des médias nippons.
Le Japon subit depuis juillet une vague record de Covid-19, avec plus de 200.000 nouveaux cas quotidiens en moyenne dans le pays sur les sept derniers jours. Le nombre de décès liés au coronavirus dans l'archipel - 36.780 depuis le début de la pandémie - reste toutefois relativement faible par rapport à de nombreux autres pays.
Des confinements stricts n'ont jamais été imposés au Japon, et le gouvernement n'a pas remis en place cette fois-ci des restrictions pour les bars et restaurants, levées en mars.
Les frontières de l'archipel ont partiellement rouvert ces derniers mois mais les touristes étrangers sont toujours bannis, à l'exception de voyages organisés très encadrés.