Les pluies, qui ont commencé lundi, sont les plus fortes depuis les premières observations météorologiques, il y a 115 ans, selon le président Yoon Suk-yeol, qui s'est excusé pour les "désagréments".
Des images circulaient en début de semaine sur les réseaux sociaux montrant des gens évoluant dans une eau leur arrivant à la taille et des stations de métro débordant.
Le quartier huppé de Séoul Gangnam a été particulièrement touché, avec des voitures à moitié submergées.
"Il y a un total de 16 victimes, dont neuf morts et sept disparus", a relevé un responsable du ministère de l'Intérieur interrogé par l'AFP.
Au total, près de 600 personnes ont été touchées, a-t-il ajouté, beaucoup étant contraintes de quitter leur domicile.
Parmi les neuf victimes, trois sont mortes alors qu'elles étaient coincées dans leur appartement inondé en demi-sous-sol ("banjiha"), selon le ministère.
Selon les médias locaux, il s'agit d'un adolescent, de sa mère et de sa tante.
Une autre personne est morte en déplaçant un arbre tombé sur le trottoir, possiblement par électrocution.
Un glissement de terrain a enfoui la maison d'une autre victime dans la province montagneuse de Gangwon.
Le président Yoon, qui s'est rendu mardi à l'appartement banjiha, a reconnu que les Sud-Coréens avaient "subi beaucoup de dégâts" et a demandé, lors d'une réunion gouvernementale, de s'occuper tout particulièrement des plus défavorisés.
"Les personnes qui ont des difficultés financières ou physiques sont forcément plus vulnérables aux catastrophes naturelles", a-t-il déclaré.
Selon le dernier sondage Gallup Korea, la cote de popularité de M. Yoon a chuté à seulement 24% depuis son entrée en fonction en mai. Il fait l'objet de critiques pour ne pas s'être rendu au centre de contrôle d'urgence du gouvernement lorsque la pluie a commencé à tomber.
Selon les médias locaux, son absence était due à une inondation autour de sa maison, mais ses services ont démenti cette explication, assurant qu'il avait décidé de rester chez lui car son équipe avait déjà la situation en main.